为加强“985工程”建设管理，教育部、财政部日前印发了新修订的《“985工程”建设管理办法》。办法提出，“985工程”建设管理应符合高等教育的特点，遵循高等学校的办学规律，实行长期规划、动态管理、分段实施。“985工程”建设实行绩效考评制度。
“985工程”采取国家、共建部门(有关主管部委或地方政府)和高等学校三级管理的方式，以高校自我管理为主。教育部、财政部将加强对学校“985工程”建设成效和年度资金使用情况的检查和考核，并根据检查考核结果对有关学校的建设项目和分年度预算进行动态调整。两部门将预留一部分中央财政专项资金，根据“985工程”学校资金使用管理情况和建设绩效等情况，统筹安排。
此外，根据办法，“985工程”实行责任追究制度，对于建设过程中的违规违纪行为，追究相应责任。
